ในกลุ่มผลิตภัณฑ์ดูแลสุขภาพทางเดินอาหาร เปปไทด์เป็นส่วนผสมสำคัญที่ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายทั้งแบบตั้งใจและไม่ได้ตั้งใจ โดยแบคทีเรียโพรไบโอติกส์หลายสายพันธุ์ได้ผ่านการศึกษาและระบุออกมาแล้วว่าเป็นแหล่งสร้างเปปไทด์ที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพ (Bioactive peptides)